成立于1958 年，前身为中国科学院广州哲学社会科学研究所哲学研究室。1984年成立哲学研究所。2003年，哲学研究所和文学研究所合并为思想文化研究所（其后称哲学与文化研究所）。2012年，成立哲学与宗教研究所。
主要研究方向为马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、宗教学、科技哲学、文化哲学、当代社会思潮等。
近年来，出版了《走出虚无主义的深渊：路径与反思》《虚无主义的审美救赎：阿多诺的启示》等专著；发表了《重思卢卡奇与阿多诺关于现代主义的论争——基于虚无主义批判视角的分析》《马克思与虚无主义批判：一种历史性的实践方案》等学术论文；主持或参与完成国家社科基金项目、省社科规划项目、院级应用决策课题及横向委托课题20余项。
现任所长杨丽婷。